Em 12 de fevereiro de 1979 é criada a Sociedade Maranhense de Defesa dos Direitos Humanos (SMDDH), entidade da sociedade civil de natureza pública e espaço político de denúncia contra o arbítrio e a violência, fatos comuns durante o regime ditatorial. Para isso, adotou como estratégias de ação a mobilização popular, educação de base e apresentação de denúncias de violações de direitos. A atuação nesse ou naquele momento era centralizada na grande São Luís. 

 
Na década de 1980 e a partir da década de 90, a principal demanda colocada para a entidade era basicamente a intervenção junto aos conflitos fundiários, marcados por confrontos violentos com grileiros e latifundiários. 

 
Em 1985 foi criado o Projeto Tecnologias Alternativas (PTA), estabelecido em parceria com FASE, objetivando o levantamento de experiências em tecnologia agrícola alternativa e o incentivo à articulação de uma rede constituída por técnicos, trabalhadores, sindicatos e comunidades rurais. 
 
A partir de 1986, a SMDDH cria o Projeto de Assessoria Jurídica a Comunidades Rurais (PAJ), com o objetivo de garantir o direito de posseiros/as e o exercício da cidadania na luta pela conquista da terra, por meio da assistência jurídica, fortalecimento das organizações dos/as trabalhadores/as e da formação de opinião. Paralelamente a entidade passa a intervir junto à população do bairro do Anjo da Guarda, vitimada pelas desapropriações para a implantação do Projeto Grande Carajás. 

 
Em 1988 é criado o Projeto Vida de Negro (PVN), em parceria com o Centro de Cultura Negra do Maranhão (CCN/MA), cujo objetivo era garantir a concretização do preceito que reconhece o direito à terra para comunidades quilombolas. 

 
Em 1989 é criado o Projeto Babaçu, que atuava para a melhoria das condições de vida das quebradeiras de coco babaçu e de suas famílias, bem como a preservação dos babaçuais e a organização desse segmento enquanto sujeito político. 

 
Em 1994 o Projeto Babaçu e o Programa de Assessoria Rural foram unificados, dando origem ao Projeto de Assessoria aos Trabalhadores/as Agroextrativistas (PAE). 

 
Compreendendo que sua intervenção não se restringia à defesa dos direitos humanos, mas à promoção, proteção, defesa e reparação desses direitos, em 1998 a entidade altera a sua denominação para Sociedade Maranhense de Direitos Humanos (SMDH). 

 
Em 2001 a SMDH realiza uma avaliação institucional, tendo como resultados a priorização de áreas de abrangência e de temas de trabalho. A entidade retoma então sua atuação na defesa dos direitos civis à vida, à integridade, à liberdade, à igualdade, à segurança, à dignidade e ao acesso à justiça. 

 
Em 2003 assume a gestão do Programa de Proteção a Vítimas e Testemunhas Ameaçadas (PROVITA) e da Central Estadual de Denúncias de Tortura. A partir do ano de 2009 a SMDH passou a executar o programa federal, a Coordenação Nacional de Permutas e a Coordenação Nacional do Monitoramento do Sistema Nacional de Proteção a Vítimas e Testemunhas Ameaçadas. 

 
Atualmente a SMDH atua na zona rural e urbana, com enfoque para a estruturação de uma política de segurança pública e justiça e para a garantia dos direitos humanos econômicos, sociais, culturais e ambientais – DHESCAs. 

 
Articulando-se a outras entidades que lutam por direitos humanos, nos esforços de controle social e proposição de políticas públicas de direitos humanos, a SMDH tem participado de redes, fóruns, comitês e conselhos, a exemplo da Associação Brasileira de ONGs (ABONG), Movimento Nacional de Direitos Humanos (MNDH), Plataforma Brasileira de Direitos Humanos Econômicos, Sociais, Culturais e Ambientais, Fórum Nacional de Entidades Gestoras do PROVITA, Fórum em Defesa da Vida do Baixo Parnaíba Maranhense, Comitê Estadual de Combate à Tortura e Conselho Estadual de Defesa dos Direitos Humanos.